Momentary Lily xoay quanh cuộc sống hàng ngày của nhóm nữ sinh sống sót trong một thế giới bị tàn phá bởi các kẻ xâm lăng từ dị giới. Kawazu Yuri, Kodaiji Erika, Usuzumi Hinageshi, Kasumi Renge, Yoshino Sazanka và Sakuya Ayame cùng đối mặt với những tạo vật bí ẩn để duy trì sự tồn tại. Dù gặp khó khăn, những cô gái không ngừng hỗ trợ lẫn nhau để tiếp tục hưởng cuộc sống đầy ý nghĩa giữa thế giới hỗn loạn.